Prinsip Dasar Desain Primer dengan Bioinformatika

Didik Huswo Utomo; M. Ichsan; Jayarani F. Putri

Prinsip Dasar Desain Primer dengan Bioinformatika

Authors

Didik Huswo Utomo

Bioinformatics Research Center, INBIO Indonesia

M. Ichsan

Bioinformatics Research Center, INBIO Indonesia

Jayarani F. Putri

Bioinformatics Research Center, INBIO Indonesia

Keywords:

Desain Primer, Bioinformatika, Prinsip Dasar

Synopsis

Buku ini memberikan penjelasan pengenalan database bioinformatika, mulai dari pengorganisasian data biologi dalam beberapa database online, analisa sekuens DNA, NCBI (National Center of Biology Information) dan BLAST. Menjelaskan terkait Primer dan Desain Primer secara ln-Silico.

Desain primer yang tepat dapat membantu peneliti untuk untuk mencari kesamaan urutan, memprediksi struktur protein, mengidentifikasi motif fungsional, memodelkan interaksi molekuler, dan mengungkap pola atau hubungan yang relevan dalam data biologis.

Jumlah Halaman : 38

Ukuran Buku : A4

ISBN : 978-623-7442-02-8

References

Altschul SF, Madden TL, Schaffer AA, Zhang J, Zhang Z, Miller W, Lipman DJ. 1997. Gapped BLAST and PSI–BLAST: a new generation of protein database search programs. Nucleic Acids Res. 25:3389–3402.

Anonymous. 2014. Polymerase Chain Reaction.http://www.nature.com/scitable/definition/ polymerase-chain-reaction-pcr-110.

Borah, P. 2011. Primer Designing for PCR.Science Vision 11(3): P. 134 -136.

Diss, T. 2003. The Polymerase Chain Reaction. In Crocker, J. dan Paul, G.M. editors. Molecular Biology in Cellular Pathology. United Kingdom: John Willey and Sons, Ltd. P. 193-

Handoyo, D., dan Rudiretna, A. 2000.Prinsip Umum dan Pelaksaan Polymerase Chain Reaction (PCR); General Principles and Implementation of Plymerase Chain Reaction.Unitas, Vol. 9, No. 1. September 2000-Februari 2001, 17-29.

Kalendar R, Lee D, Schulman AH (2014). FastPCR software for PCR, in silico PCR, and oligonucleotide assembly and analysis. DNA Cloning and Assembly Methods, Methods in Molecular Biology, Svein Valla and Rahmi Lale (ed.), 1116: 271-302.

Kibbe WA. (2007).’OligoCalc: an online oligonucleotide properties calculator’.Nucleic Acids Res. 35.

Mullis, K. B. 2015. Facts”. Nobelprize.org. Nobel Media AB 2014.Web. 22 Feb 2015. http://

www.nobelprize.org/nobel_prizes/chemistry/laureates/1993/mullis-facts.html.

NCBI. 2015. https://www.linkedin.com/company/national-center-for-biotechnology- information-

ncbi-.

Nilges, M., dan Linge, J. P. tanpa tahun. Bioinformatics. http://www.pasteur.fr/recherche/ unites/

Binfs/definition/bioinformatics_definition.html. Diakses pada tanggal 1Juni 2014.

Sulistyaningsih, E. 2007. Polymerase Chain Reaction (PCR): Era Baru Diagnosis dan Manajemen Penyakit Infeksi. Biomedis. 1(1): P. 17-25.

Steve Rozen and Helen J. Skaletsky (2000) Primer3 on the WWW for general users and for biologist programmers. In: Krawetz S, Misener S (eds) Bioinformatics Methods and Protocols:Methods in Molecular Biology. Humana Press, Totowa, NJ, pp 365-386.

Yuwono, T., 2006, Biologi Molekuler, Penerbit Erlangga, Jakarta.

Ye J, Coulouris G, Zaretskaya I, Cutcutache I, Rozen S, Madden T (2012). Primer-BLAST: A tool to design target-specific primers for polymerase chain reaction. BMC Bioinformatics.